DSH Plugin HubDSH 插件市场

gsh150801/dsh-bioinf-verify

Plugin插件 Native原生 ⭐ 2 MIT Approval & Security审批与安全

独立校验插件 for DeepSeek Harness (dsh)。 与资源路由类插件（dsh-bioinf / dsh-bioinf-routed）职责分离：本插件专注一件事—— 让生物医学/科研报告中的每一个证据都经得起核验。

catalog descriptioncatalog 简介 / catalog description：Bioinformatics plugin for DeepSeek Harness (dsh)

Project Overview项目介绍

Edited by Zhiwei Agent (zhiwei)由知微Agent(zhiwei)编辑

This is a standalone verification plugin for DeepSeek Harness. It verifies citations, URLs, titles, and semantic consistency of claims in biomedical research reports against authoritative public registries, then generates auditable annotated reports and ledgers. API keys are required for some data sources.

这是DeepSeek Harness的独立生物信息学校验插件，可针对生物医学科研报告中的引用、链接、标题和内容语义一致性，对照权威公共数据库进行多维度核验，生成可审计的校验报告，使用部分数据源需要配置对应API密钥。

View on GitHub在 GitHub 查看

Recommended强烈推荐 Send to your DSH发给你的 DSH 安装 
请帮我了解并安装插件：【dsh-bioinf-verify】【https://github.com/gsh150801/dsh-bioinf-verify】

Send this message to DSH in your current session. CLI install commands may not be accurate across systems — DSH will figure it out for you.把上面这条消息直接发给当前会话里的 DSH，让它帮你了解并安装。安装命令不一定准确，发给 DSH 更稳。

Or use CLI install (for developers)或使用命令行安装（适合开发者）

CLI Install命令行安装 

dsh plugin --profile web add git+https://github.com/gsh150801/dsh-bioinf-verify.git

把 gsh150801/dsh-bioinf-verify 加入你的 DSH 配置（web profile）即可启用。

READMEREADME

6.9 KB · 缓存于 2026-09-13 20:34:18 · 6.9 KB

dsh-bioinf-verify

topic: dsh-plugin

独立校验插件 for DeepSeek Harness (dsh)。 与资源路由类插件（dsh-bioinf / dsh-bioinf-routed）职责分离：本插件专注一件事—— 让生物医学/科研报告中的每一个证据都经得起核验。

English summary: a standalone verification plugin that (1) checks citations against authoritative registries (Crossref / PubMed / ClinicalTrials.gov / UniProt / GEO / SRA / PatentsView) including retraction scans, (2) verifies URLs are real and reachable, (3) verifies claimed titles against source titles (papers, patents, datasets, news/web articles via og:title), (4) verifies meaning consistency between a report claim and the verbatim source text (temperature-0 LLM entailment), and (5) runs whole-report verification: decompose → per-claim multi-aspect checks over a durable auditable ledger → annotated original report + appended verification report.

为什么需要它

生物医学 AI 报告最常见的失败不是"编造结果"，而是更隐蔽的三类：

  1. 引用不存在（幻觉 DOI/PMID/accession）；
  2. 链接失效（引用了打不开的网页）；
  3. 张冠李戴——DOI 真实存在，但报告说它的内容与原文完全是两回事。

GeneAgent 证明了"回查原始库"是抗幻觉的正道，ChemCrow 证明了"确定性工具 > LLM 自评"。 本插件把这套纪律工程化：存在性/撤稿/标题用确定性注册库核验，含义一致性用注册库原文 + 温度 0 的 LLM 蕴含判定（LLM 只对比两段逐字原文，不依赖模型记忆）。

组件

报告级工作流（核心功能）

工具 作用
report_verify_start 把整篇报告分解为若干待校验点：确定性扫描（段落/句子切分 + 标识符正则）+ LLM 分解（温度 0，标识符由代码再提取）合并去重；每点分类为 literature / patent / clinical_trial / dataset / protein / webpage 并记录原文锚点
report_verify_step 执行下一个"方面检查"（一次一个），每次检查后立即持久化账本；崩溃可恢复，已完成方面不重跑
report_verify_status 从账本读取结构化进度（每点 × 每方面）
report_verify_finish 生成 ① 原报告内联标注（未通过点句段后追加 ❌【校验未通过 C2·literature：存在性(未通过)…】）与 ② 文末完整校验报告（汇总统计、逐点核验矩阵、每个失败点的具体说明、账本路径）
report_verify_list 列出历史校验任务

组件工具（可独立调用，也是工作流的部件）

工具 校验内容 数据源
url_verify 链接真实存在/可访问：重定向跟随、404/410 vs 401/403 区分、软 404 启发 直接 HTTP
title_verify 标题核验（论文/专利/数据集/新闻网页文章）：match ≥75%或包含 / close 40–75% / mismatch Crossref、PubMed、PatentsView、GEO、页面 og:title
doi_verify DOI 存在性 + 元数据 + 标题比对 Crossref
pmid_verify PMID 核验 + 撤稿/Expression-of-Concern 扫描 PubMed
clinical_trial_status 试验存在性/状态/期相/结果 posted ClinicalTrials.gov v2
geo_accession_verify / sra_accession_verify 数据集/测序存档 accession NCBI gds / sra
uniprot_verify 蛋白 accession + 基因对应 UniProtKB
claim_audit 批量引用审计矩阵（终稿闸门） 以上聚合
claim_semantic_check 单条"报告说法 vs 原文含义"一致性 注册库原文 + 温度 0 LLM

账本数据结构（可审计 / 可追溯 / 可恢复）

每次校验任务是一个持久化 JSON（<workDir>/<jobId>.json）：

job ── status / 原报告全文 / options
      ├─ claims[] ── claimId、claim、quote、paraIndex、category、identifiers
      │              └─ aspects[] ── aspect(existence/retraction/title_agreement/
      │                               semantic_consistency/url_accessibility/…)、
      │                               component、起止时间、status、detail、
      │                               evidence(原始核验载荷)
      └─ log[]（追加式事件日志）

配置（profile patch 示例）

- insert:
    - id: bioinf-verify
      name: dsh-bioinf-verify          # 已随 bundles 安装；也可用 file:// 绝对路径指向 lib/index.js
      config:
        workDir: ''                # 账本/输出根目录；默认 ~/.dsh/science-verification
        contactEmail: ''           # 或环境变量 CONTACT_EMAIL（NCBI/Crossref polite pool）
        pubmedApiKey: ''           # 或环境变量 PUBMED_API_KEY（3→10 rps）
        patentsviewApiKey: ''      # 或环境变量 PATENTSVIEW_API_KEY（免费申请）
        guidance: true             # 注入工作流使用规范到系统提示
        llmRouter:                 # 分解 + 语义蕴含用（温度 0）
          enabled: true
          baseURL: 'http://127.0.0.1:8012/v1'   # OpenAI 兼容端点（本地 vLLM 即可）
          model: 'deepseek-v4-flash'
          apiKey: ''

所有密钥只从 profile 配置或环境变量读取，仓库内不含任何密钥。全部 API 均免费； 仅 PatentsView 需要免费申请 key，未配置时相关组件返回申请引导而非报错。

安装

方式一：dsh plugin add 直接安装（推荐）

本包发布为可独立安装的 profile bundle：打包产物自包含 lib/index.js （schemastery / dsh-tools 已融入单文件），唯一外部依赖是每个 profile 都内置的 @deepseek-ai/cordis，因此无需任何配套安装：

dsh plugin --profile <profile> add git+https://github.com/gsh150801/dsh-bioinf-verify.git

安装成功后包名会依据 dsh.bundle.patch 声明自动追加进该 profile 的 dsh.profile.bundles（~/.dsh/profiles/<profile>/package.json）。随后：

  • 为 bioinf-verify 行补充本机配置（llmRouter 的 baseURL/model、密钥等）——见上文配置节， 或通过 dsh 设置面板编辑；
  • 重启 dsh web，report_verify_* 与各组件工具即生效。

方式二：源码 checkout（二次开发）

需要 DeepSeek Harness 源码 checkout：

git clone https://github.com/gsh150801/dsh-bioinf-verify packages/examples/dsh-bioinf-verify
pnpm install && pnpm run build:lib:host
# 然后在 profile patch 中按上面的示例挂载（name 用 file:// 绝对路径指向 lib/index.js）

开发

pnpm install
vitest run packages/examples/dsh-bioinf-verify/tests/verify.spec.ts       # 离线（mock）
RUN_LIVE=1 vitest run packages/examples/dsh-bioinf-verify/tests/live.spec.ts  # 实网验收

License

MIT

渲染基于仓库 gsh150801/dsh-bioinf-verify 的 README.md。 在 GitHub 查看原文 →

Related相关推荐

← 上一个 Prev dsh-agentic-router 下一个 Next dsh-desktop-tray →