lovy2004/dsh-molbio-tools

Name: lovy2004/dsh-molbio-tools
Author: lovy2004

Plugin ⭐ 1 MIT research

面向 DeepSeek Harness 的零依赖分子生物学研究插件：序列分析、引物自动设计与检查、限制性酶切模拟、GenBank 解析与质粒图谱、qPCR 分析、文献助手与实验台计算。除文献检索与存储外全部为确定性纯计算；插件由纯 .mjs 文件构成，可随 agent preset 目录整体复制分发。

catalog description：A group of DSH tools designing for molecular biology researchers.

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dsh-molbio-tools/
├── index.mjs        # 插件入口：export { name, inject, apply }，注册 39 个工具
├── lib.mjs          # 基础库：IUPAC、翻译、酶表、NN 热力学、qPCR、lab math
├── design.mjs       # 引物自动设计（含跨内含子 qPCR）
├── genbank.mjs      # GenBank flatfile 解析器
├── snapgene.mjs     # SnapGene .dna 二进制解析器（含极简 XML 扫描器）
├── plasmid.mjs      # SVG 质粒图谱渲染器（环形/线形，GC skew/标记）
├── align.mjs        # Smith-Waterman 局部比对 + 锚点窗口（Sanger 验证用）
├── cloning.mjs      # 克隆模拟：选酶/酶切连接/Gibson/克隆引物/突变引物
├── sanger.mjs       # ABIF (.ab1) 解析 + 测序验证报告
├── protein.mjs      # 蛋白性质/肽段酶切/密码子优化
├── plot.mjs         # SVG 柱状/散点图渲染
├── seqio.mjs        # FASTA/FASTQ 解析与统计
├── records.mjs      # 协议库/实验日志存储
├── papers.mjs       # 文献库存储（经 harness fs 服务 + 沙箱政策）
├── cordis.patch.yml # bundle 补丁层（可选安装渠道用，按包名插入 tool-molbio 行）
├── preset/
│   └── molbio-lab/  # 推荐的专属模式预设（agent.cordis.yml + preset.yml + plugins/dsh-molbio-tools-v12/）
├── test/
│   └── smoke.mjs    # 冒烟测试（复用 harness 自身的 JSON Schema 校验器）
├── docs/
│   └── maintainer.md # 维护者文档（合规对照/开发测试/路线图）
├── package.json
└── README.md

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