wade20250715/dsh-pubmed

Name: wade20250715/dsh-pubmed
Author: wade20250715

Plugin插件 Native原生 ⭐ 3 MIT Memory & Knowledge记忆与知识库 Data & Analysis数据与分析

Project Overview项目介绍

Edited by Zhiwei Agent (zhiwei)由知微Agent(zhiwei)编辑

This is a PubMed biomedical literature retrieval plugin for DeepSeek Harness. It offers 7 tools that need no API key or extra dependencies, supporting literature search, author disambiguation, institution publication stats and retraction checking. Use it for in-depth research on PubMed biomedical literature. Bulk searches are slower due to NCBI's request rate limit.

这是DeepSeek Harness的PubMed生物医学文献检索插件，提供7个无需API密钥、无额外依赖的工具，支持文献检索、作者消歧、机构发文统计、撤稿核查等深度查询。需要深入调研PubMed生物医学文献时使用，受NCBI请求限速限制，批量检索速度较慢。

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Send to your DSH发给你的 DSH 安装

请帮我安装这个 DSH 插件。安装前先完成【兼容性检查 + 安全性检查】，检查通过再动手。

插件：dsh-pubmed（wade20250715/dsh-pubmed）
仓库：https://github.com/wade20250715/dsh-pubmed
本站详情页：https://www.yhbd.top/plugins/wade20250715-dsh-pubmed/
本站登记：类型 plugin · 归类 原生 DSH 插件 · 许可证 MIT · ⭐ 3 · 最近提交 2026-08-17 · 主语言 JavaScript

按下面顺序执行，每步先把结论告诉我，再进入下一步：

【1 兼容性检查】
① 我这边：DSH 版本、Node 版本、操作系统、当前 profile（web / desktop）。
② 读它的 README、package.json、插件 manifest，列出它要求的 DSH 版本 / Node 版本 / 操作系统 / 外部依赖 / 需要另外先装的运行时。
③ 逐条比对，结论只写「满足 / 不满足 / 未知」三种；不满足的给出可行替代方案。
④ 检查是否和我已装的插件冲突：命令名重复、skill / tool 重名、端口占用、重复注册的 MCP server。

【2 安全性检查】
① 仓库可信度：和上面「本站登记」是否一致；star / fork 数、创建时间、最近提交，是否归档或长期停更。
② 安装脚本：逐行看 package.json 的 preinstall / install / postinstall，以及 install.sh、setup.ps1 之类脚本。出现 curl|bash、下载后直接执行、混淆代码、访问与插件功能无关的域名，立刻停下来告诉我，不要继续装。
③ 依赖：列出新增依赖，标出无人维护、或与知名包拼写近似的可疑包（typosquatting）。
④ 权限与副作用：它会读写哪些目录、访问哪些域名、需要哪些 DSH 权限（filesystem / network / shell / clipboard 等），以及怎么卸载和回滚。
⑤ 如果它要求 sudo / 管理员权限，或权限明显超出功能所需，先停下来问我。

【3 安装】
上面两步没有「不满足」和「高危项」时才执行；用官方推荐方式安装，不要自行提权。

【4 汇报】
用表格输出：检查项 / 结论 / 依据 / 是否需要我决策。拿不准的一律写「未知」并说明要我怎么确认——不要猜，也不要替我决定。

Send this message to DSH in your current session: it verifies compatibility and security first (answering met / not met / unknown item by item) and only installs once everything checks out — it will stop and ask you if it finds a high-risk item. The box scrolls; the copy is the full prompt. CLI install commands may not be accurate across systems, so DSH is the safer route.把上面这条消息直接发给当前会话里的 DSH：它会先核对兼容性与安全性（逐条给「满足 / 不满足 / 未知」），确认没问题再安装，有高危项会停下来问你。框内可滚动，复制到的是完整提示词；安装命令不一定准确，发给 DSH 更稳。

Pre-install check安装前体检Compatibility · Security兼容性 · 安全性 1 warning1 项注意

Only 3 stars - very few users, little community feedback星标只有 3，几乎没人在用，遇到问题缺少社区反馈

DSH walks through these 9 checksDSH 会逐条核对这 9 项

Compatibility兼容性

DSH, Node, OS and profile requirementsDSH 版本 / Node 版本 / 操作系统 / profile 是否满足要求
External dependencies and runtimes (Electron / Python / Docker, ...)外部依赖与运行时（Electron / Python / Docker 等）是否齐备
Conflicts with installed plugins: command names, skill / tool names, ports, duplicate MCP registration与已装插件是否冲突：命令名、skill / tool 重名、端口占用、重复 MCP 注册

Security安全性

Repo matches the facts registered here; archived or abandoned?仓库是否与页面登记一致，是否归档或长期停更
Safety of preinstall / install / postinstall and install.sh / setup.ps1preinstall / install / postinstall 与 install.sh、setup.ps1 是否安全
curl|bash, download-then-execute, obfuscation, unrelated domains → stop immediatelycurl|bash、下载即执行、混淆代码、无关域名 → 立刻停止
Typosquatting or unmaintained packages among the new dependencies新增依赖里有没有 typosquatting 或无人维护的包
Requested permissions vs. what the feature actually needs申请了哪些权限、是否超出功能所需（filesystem / network / shell / clipboard）
Any sudo / admin requirement, plus uninstall and rollback是否要求 sudo / 管理员权限，以及卸载与回滚方式

Anything uncertain must be marked unknown with a note on how to confirm it. This site's signal screen is a static snapshot, not a security audit.拿不准的必须标「未知」并说明要我怎么确认。本站的信号筛查是静态快照，不能替代安全审计。

Or use CLI install (for developers)或使用命令行安装（适合开发者）

CLI Install命令行安装

dsh plugin --profile web add github:wade20250715/dsh-pubmed

把 wade20250715/dsh-pubmed 加入你的 DSH 配置（web profile）即可启用。

READMEREADME

3.2 KB · 缓存于 2026-09-15 19:38:29 · 3.2 KB

dsh-pubmed

DeepSeek Harness 的 PubMed 深度检索工具集。七个工具，全部走 NCBI E-utilities 公共接口，零 API key、零本地重依赖。

为什么做这个

dsh 生态里学术检索插件清一色是 arXiv / dblp / OpenAlex / Crossref（偏计算机与综合方向），没有一个专注 PubMed 这个生物医学权威库。本项目补上这个空位，并把"深度调查"能力带进来——不止搜文献，还能查作者、做同名消歧、统计机构发文、匹配导师学生、核查撤稿。

工具清单

工具	作用	关键参数
`pubmed_search`	文献检索，返回命中数与 PMID 列表	`query`（支持 `[Author]`/`[Affiliation]` 等字段标签）、`retmax`、`sort`、`mindate`、`maxdate`
`pubmed_fetch`	批量拉取文献元数据（标题/期刊/年份/作者/DOI）	`pmids`（逗号分隔）
`pubmed_author`	作者发文调查	`fullname`（全名拼音）、`affiliation`（可选）、`retmax`
`pubmed_disambiguate`	同名作者消歧（按机构区分）	`fullname`、`affiliation`、`retmax`
`pubmed_institution`	机构发文统计（含逐年分布）	`institution`、`mindate`、`maxdate`、`retmax`
`pubmed_mentor_match`	导师-学生共同署名匹配	`mentor`、`student`、`affiliation`（可选）
`pubmed_retraction`	撤稿 / 学术不端核查	`query`（人名或主题）、`retmax`

安装

dsh plugin --profile web add <本仓库地址或 npm 包名>

本地开发时可用 file 协议：

dsh plugin --profile web add file:/path/to/dsh-pubmed

装完后重启 dsh 即可，工具会出现在 agent 的工具列表里。

使用示例

帮我查一下作者 "Zhang Wei" 在 PubMed 发了多少篇

→ agent 会依次调用 pubmed_author（查发文量）、pubmed_disambiguate（按机构消歧）。

查一下四川大学 2026 年发了多少篇 PubMed 论文，按年份分布

→ pubmed_institution。

这个作者有没有被撤稿的记录？

→ pubmed_retraction。

重要提示：中文作者检索

PubMed 对中文作者用「姓前名后」的全名拼音索引。查"张伟"要写 Zhang Wei，而不是 Wei Zhang。这是 PubMed 的索引规则，不是本工具的问题。

安全

本插件只请求 eutils.ncbi.nlm.nih.gov（NCBI 公共接口），不需要、也不读取任何 API key。
不读取你的 DeepSeek 凭据，不做任何网络请求到第三方。
代码零运行时依赖（Node 内置 fetch），无 npm 子依赖注入风险。

已知限制

限速：NCBI 要求每秒 ≤3 次请求，本插件内置 350ms 节流。大批量检索会相对慢，这是遵守 NCBI 规则的必要代价。
作者全名索引：[Author] 检索依赖 PubMed 的 ForeName 全拼索引，少数只以缩写（如 Shen H）索引的作者会漏。pubmed_disambiguate 已用 efetch 拿全名+机构做精确匹配，规避了这个问题；pubmed_mentor_match 基于 esearch 交集，极端情况下可能漏掉个别共同署名。
机构过滤精度：[Affiliation] 是词级检索而非子串检索，机构名写法不同可能导致漏检。建议先用宽泛查询，再用 pubmed_disambiguate 精确核对。